Dvadesesedmog veljače davne 1900. godine 11 nogometaša iz Münchenskog gimnastičkog kluba osnovalo nogometni klub Bayern. Već za nekoliko mjeseci postigli su značajne rezultate ušavši u polufinale Južnonjemačkog prvenstva.
Kad su nacisti došli na vlast u Njemačkoj 1933. godine, klub je ušao u probleme jer su i predsjednik i trener bili Židovi. Nacisti su stoga klub okarakterizirali židovskim. Došlo je do čistki, predsjednik kluba i trener pobjegli su iz Njemačke, a klub je mogao nastupati samo u regionalnoj ligi.
Tek nakon Drugog svjetskog rata uslijedila je obnova. Bayern je svoje zlatne godine doživio krajem šezdesetih i tijekom sedamdesetih godina, kad su u njemu igrali velikani poput Franza Beckenbauera, Gerda Müllera i Seppa Maiera.
Do danas Bayern je 27 puta osvojio njemačko prvenstvo (po tome je daleko najuspješniji klub u povijesti njemačkog nogometa) i pet je puta pobijedio u europskoj Ligi prvaka (odnosno prijašnjem Kupu prvaka). Do 2005. Bayern je igrao na Olimpijskom stadionu u Münchenu, a te godine otvoren je njegov novi stadion – Allianz Arena.
